Sofort nach der Gründungen hat die ÖNGENE  Aktivitäten zum Erhalt vom Aussterben bedrohter Nutztierrassen gesetzt, einen Rassenkatalog erstellt und Bestandsaufnahmen durchgeführt. Teilweise wurden Basisherden bzw. Restbestände aufgekauft und unter wissenschaftlicher Aufsicht Nucleusherden gezüchtet und erste Tiefgefrier-Genbanken angelegt. Der Großteil an Einzeltieren gefährdeter Nutztierrassen  verblieb im Eigentum privater interessierter Halter. Die Zucht erfolgte unter Aufsicht der ÖNGENE nach vorgegebenen Anpaarungsprogrammen.

Es wurden genetische Marker erfasst und katalogisiert. Genetisch möglichst unverwandte Tiere mit hohem Heterozygotiegrad wurden als Paarungspartner zum Erhalt der genetischen Vielfalt vorgeschrieben (Heterozygotieprogramm), nachdem die Pedigrees vieler Zuchttiere damals noch unvollständig oder nicht bekannt waren. Der Verdienstentgang bzw. Mehraufwand wurde den Tierhaltern über öffentliche Fördermittel abgegolten. Das Heterozygotieprogramm war bis zum EU-Beitritt das wichtigste Anpaarungsinstrument, um die negativen Auswirkungen von Inzucht und Zufallsdrift auf die genetische Vielfalt zu minimieren.

Nach 10 Jahren Tätigkeit war es der ÖNGENE gelungen, die Populationen seltener gefährdeter Nutztierrassen  zu erfassen, eine Rassenliste aufzustellen, Genreserveherden aufzubauen und vor allem bei den gefährdeten Rinderrassen Zuchtprogramme zu verwirklichen, die sowohl den Erhalt der Rasse als auch ansatzweise ihre genetische Vielfalt sicherstellten.